Haški tribunal je protiv njega i Radovana Karadžića podigao optužnicu pola godine prije nego što je potpisan Dejtonski sporazum. Godinu dana kasnije, presuđena ratna zločinka Biljana Plavšić ga je smijenila sa čela vojske.
Od tada se Mladić nije pojavljivao u javnosti. Institucionalno je okvalifikovan kao bjegunac koji se vješto krije, ali snimci su pokazivali da je slobodno živio jer je bio pod zaštitom pojedinaca iz srbijanskih institucija.
Pretpostavlja se da je poslije rata isključivo živio u Srbiji, gdje je u selu Lazarevo i uhapšen 26. maja 2011.
Sumnje u to da je Mladić bio pod zaštitom pojedinaca iz srbijanskih institucija uveliko su podgrijane nakon ubistva dvojice gardista tadašnje Vojske Srbije i Crne Gore, Dragana Jakovljevića i Dražena Milovanovića 5. oktobra 2004. u kasarni koja se nalazi u beogradskom naselju Topčider.
Pojedinci smatraju da ubistva još nisu rasvijetljena zbog toga što su gardisti tu vidjeli zločinca Mladića.
Iako su Slobodan Milošević i njegova vlast pali 2000. godine, tek 11 godina kasnije se desilo hapšenje Mladića, koje je bilo jedno od ključnih uslova za članstvo Srbije u Evropskoj uniji, odnosno za razgovore o članstvu.
Iako se Mladić godinama uspješno krio od hapšenja, videosnimci koji su emitovani 2009. u političkom magazinu “60 minuta” na Federalnoj televiziji (FTV), su naveli mnoge da još više budu uvjereni da je zločinac Mladić zaista pod protekcijom vlasti u Srbiji.
Na snimcima je vidljivo kako se Mladić opušteno druži, pleše, pjeva i fotografiše među velikim brojem ljudi. Dakle, bjegunac je živio kao slobodan čovjek.
Njegova porodica je godinu nakon objavljivanja ovih snimaka zatražila da se proglasi mrtvim, tvrdeći da je lošeg zdravlja i da nemaju kontakt s njim.
Tek 2011. godine desilo se ono što su brojne žrtve rata godinama čekale.
“U ime Republike Srbije obavještavam vas da je danas u jutarnjim satima uhapšen Ratko Mladić. Uhapšen je u koordinisanoj akciji koju su izvele Bezbjednosno-informativna agencija (BIA) i Služba za otkrivanje ratnih zločina”, izjavio je tadašnji srbijanski predsjednik i čelnik tada vladajuće Demokratske stranke (DS) Boris Tadić.
Zaključio je da hapšenje predstavlja “zatvaranje teške stranice zajedničke historije”.
